Die Katholisch-Theologische Fakultät zeichnet sich durch eine große fachliche und methodische Breite aus und ist in 7 Institute mit insgesamt 15 Fachbereichen gegliedert. Alle Institute sind im Universitätsgebäude Schenkenstraße 8-10, 1010 Wien untergebracht.

Institut für Bibelwissenschaft

• Altes Testament
• Neues Testament

Institut für Interkulturelle Religionsphilosophie

Institut für Historische Theologie

• Kirchengeschichte
• Liturgiewissenschaft und Sakramententheologie
• Theologie und Geschichte des Christlichen Ostens
• Theologie der Spiritualität

Institut für Kirchenrecht und Religionsrecht

Institut für Praktische Theologie

• Pastoraltheologie und Kerygmatik
• Religionspädagogik und Katechetik

Institut für Religionswissenschaft

Institut für Systematische Theologie und Ethik

• Dogmatik und Dogmengeschichte
• Sozialethik
• Theologische Ethik
• Theologische Grundlagenforschung